L'attuale museo è stato inaugurato il 24 ottobre 2008, dopo la ristrutturazione dell'edificio. La collezione del Museo è costituita da raccolte provenienti da scavi archeologici subacquei effettuati nei mari dell'arcipelago di Capo Verde dalla società sudafricana Afrimar e dalla società portoghese Arqueonautas S.A. (la maggior parte), nonché da scavi archeologici terrestri effettuati a Cidade Velha (Ribeira Grande de Santiago).