Le musée actuel a été inauguré le 24 octobre 2008, après la rénovation du bâtiment. La collection du musée est constituée des collections issues des fouilles archéologiques sous-marines réalisées dans les mers de l'archipel du Cap-Vert par la société sud-africaine Afrimar et la société portugaise Arqueonautas S.A. (pour la plupart), ainsi que des fouilles archéologiques terrestres réalisées dans la Cidade Velha (Ribeira Grande de Santiago).