El actual museo se inauguró el 24 de octubre de 2008, tras la renovación del edificio. Los fondos del Museo están constituidos por colecciones procedentes de excavaciones arqueológicas subacuáticas realizadas en los mares del archipiélago de Cabo Verde por la empresa sudafricana Afrimar y la portuguesa Arqueonautas S.A. (la mayor parte de ellas), así como de excavaciones arqueológicas terrestres realizadas en Cidade Velha (Ribeira Grande de Santiago).